I singoli ninja ottengono la maggior parte del riconoscimento in Naruto a causa della loro travolgente abilità e potere. Detto questo, la serie presenta anche diversi gruppi ninja che erano rispettati o temuti a causa della loro forza. Questi gruppi comprendevano cinque o più ninja e, sebbene tutti fossero pericolosi sul campo di battaglia, alcuni gruppi ninja erano molto più forti di altri.
Molti dei gruppi ninja più forti di Naruto sono costituiti da combattenti d'élite di livello Jonin, ma altri gruppi hanno membri che possono combattere un Jinchuriki o un Kage. Uno di questi gruppi aveva più membri che potevano spazzare via interi villaggi ninja con un'unica tecnica. La maggior parte di questi gruppi combattevano raramente insieme, ma quando lo facevano erano tutti formidabili.
I Sound Four erano guardie del corpo d'élite dotate di poteri

Il Villaggio del Suono Nascosto è stato fondato da Orochimaru e, a un certo punto, i Quattro Suoni erano la risorsa militare più forte del villaggio. In effetti, servivano come guardie del corpo d'élite di Orochimaru. I Quattro del Suono possedevano tutti il marchio della maledizione di Orochimaru, che garantiva loro abilità fisiche potenziate. Potevano tutti usare la trasformazione di livello 2, che li trasformava in mostri simili a Oni con una forza sovrumana.
Jirobu era un colosso muscoloso che si nutriva di chakra, mentre Tayuya usava il suono per evocare mostruosità orchi affinché combattessero per suo conto. Kidomaru aveva poteri basati sui ragni e poteva lanciare frecce letali, mentre Sakon e Yakon potevano distruggere il corpo di un avversario dall'interno fondendosi con loro. Come gruppo, i Sound Four potrebbero affrontare alcuni dei Jonin più elitari del Villaggio della Foglia.
I dodici guardiani ninja erano ninja d'élite incaricati di proteggere il signore feudale

I Dodici Guardiani Ninja erano un gruppo d'élite di ninja della Terra del Fuoco selezionati per proteggere il Signore Feudale. Ogni membro indossava uno speciale panno in vita con il kanji di "Fuoco". Il gruppo alla fine si sciolse prima degli eventi di Naruto perché metà del gruppo decise che il modo migliore per proteggere la Terra del Fuoco era distruggere il Villaggio della Foglia.
Una volta terminate le lotte intestine, solo tre membri del gruppo sopravvissero. I membri dei Dodici Guardiani Ninja erano così forti che a tutti i sopravvissuti furono assegnate ricompense particolarmente elevate sul mercato nero. Chiriku e Asuma Sarutobi facevano parte di questo gruppo, ed entrambi avrebbero sconfitto Hidan dell'Organizzazione Alba se non fosse stato per la sua immortalità.
L'Explosion Corps è un'unità specializzata composta da utenti Kekkei Genkai

L'Explosion Corps è un'organizzazione al servizio dell'Hidden Stone Village ed è specializzata in letali combattimenti in prima linea e distruzione tattica. L'Explosion Corps sembra essere composto interamente da ninja che possiedono il Kekkei Genkai con rilascio dell'esplosione, che è facilmente uno dei Kekkei Genkai non visivi più forti. Deidara dell'Organizzazione Alba e Gari sono gli unici membri conosciuti del gruppo.
I membri dell'Explosion Corps possono radere al suolo edifici e linee di rifornimento da lontano con diversi tipi di esplosioni. Gli altri membri possono eseguire taijutsu esplosivi da cui è quasi impossibile difendersi. A seconda della tecnica, un singolo membro dell'Explosion Corps può potenzialmente distruggere un grande villaggio con una singola bomba.
La Brigata dei Burattini è un gruppo d'élite di burattinai

La Brigata delle Marionette del Villaggio della Sabbia Nascosto esiste sin dalla Seconda Grande Guerra Ninja ed è composta dai più abili utilizzatori di marionette del villaggio. I burattini possiedono armi nascoste intrise di veleno e possono essere usate per attacchi a sorpresa o assalti frontali. La maggior parte delle marionette può essere fatta a pezzi, ma nelle mani giuste un gruppo di marionette può abbattere una fortezza o un piccolo paese.
La Brigata delle Marionette una volta era guidata da Chiyo e Sasori dell'Organizzazione Alba era un membro di alto rango. Entrambi erano ninja di livello Kage e Kankuro, l'attuale leader, non è da meno. I membri più forti della Brigata delle Marionette possono controllare più marionette contemporaneamente e, in determinate circostanze, possono anche controllare gli esseri umani viventi come se fossero marionette.
I sette spadaccini ninja della nebbia sono considerati gli spadaccini più pericolosi del mondo ninja
I precedenti Sette Spadaccini Ninja della Nebbia rianimati con l'Edo Tensei in Naruto: ShippudenImmagine tramite Studio Pierrot
I Sette Spadaccini Ninja della Nebbia esistono sin dalla formazione del Villaggio della Nebbia Nascosta e questi sette individui sono considerati i ninja armati di lama più forti della loro generazione. Ognuno di loro brandisce una delle sette lame mistiche del villaggio e, quando il gruppo è completamente riunito, può abbattere dozzine di nemici. Un membro poteva eliminare Jinchuriki da solo, mentre un altro divenne il Mizukage del villaggio.
I Sette Spadaccini Ninja della Nebbia sono tutti altamente qualificati, ma le lame aumentano notevolmente la loro forza. Kabutowari può sfondare praticamente qualsiasi difesa, mentre Samehada può prosciugare i nemici del loro chakra. Kiba è la lama più affilata della serie e può controllare i fulmini, mentre Kubikiribocho può rigenerarsi con il sangue della sua vittima. Shibuki è rivestito con infinite etichette esplosive, Nuibari può unire più bersagli insieme e Hiramekarei emette chakra in varie forme.
La Forza Kinkaku era una forza d'élite guidata da una coppia di Pseudo-Jinchuriki

La Forza Kinkaku era un gruppo d'élite di ninja di Hidden Cloud che divenne attivo durante la Prima Grande Guerra Ninja. Erano guidati da Kinkaku e Gingaku, una coppia di fratelli che erano lontanamente imparentati con il Saggio dei Sei Sentieri. Consumarono parte della carne della Volpe a Nove Code e ottennero permanentemente l'accesso ad alcuni dei suoi chakra, al punto da poter usare la trasformazione della Bestia dalla coda.
Durante la prima guerra, la Forza Kinkaku rintracciò Tobirama Senju, il Secondo Hokage, così come la sua unità di scorta, composta da Danzo, Hiruzen Sarutobi e altri quattro ninja della Foglia d'élite. Il gruppo alla fine uccise Tobirama. I due fratelli furono resuscitati durante la Quarta Grande Guerra Ninja, dove Kinkaku da solo sconfisse dozzine di avversari, il che dimostra quanto fosse efficace il gruppo nel suo periodo migliore.
I Cinque Kage sono considerati i Ninja più forti delle Cinque Grandi Nazioni

I Cinque Kage sono i leader delle Cinque Grandi Nazioni Ninja, il che significa che sono considerati i ninja più forti dei rispettivi villaggi. La Quarta Grande Guerra Ninja fu la prima volta in cui i Cinque Kage combatterono insieme come gruppo e comprendeva A, Onoki, Mei Terumi, Tsunade e Gaara, alcuni dei Kage più leggendari di tutti i tempi. Insieme, avrebbero potuto sconfiggere Madara Uchiha se non fosse stato rianimato.
A era il ninja più veloce del mondo, mentre Gaara controllava grandi quantità di sabbia. Mei era un maestro dell'Arte dell'Acqua con due Kekkei Genkai, mentre Onoki poteva disintegrare gli avversari. Tsunade era il ninja medico più forte del mondo. Nella Nuova Era, i Cinque Kage sono costituiti da Naruto, Gaara, Kurotsuchi, Darui e Chojiro, e la maggior parte di loro potrebbe affrontare Kinshiki e Momoshiki Otsutsuki per un po'.
Gli Akatsuki erano ninja canaglia di livello Kage che avevano il potere di governare il mondo
L'Akatsuki di Pain prima dell'aggiunta di Deidara, Hidan e Kisame, in un flashback di Naruto. Immagine tramite Studio Pierrot
Gli Akatsuki furono i cattivi principali per gran parte della seconda metà di Naruto e, quando erano al massimo potere, il gruppo era composto da dieci membri. L'organizzazione era composta principalmente da ninja canaglia di grado S e, a parte Zetsu, ogni membro era un combattente altamente qualificato con abilità uniche. Il loro obiettivo era raccogliere tutti i Cercoteri e usarli come armi per indebolire i villaggi ninja finché non avrebbero potuto conquistare tutto.
La maggior parte dei membri dell'Organizzazione Alba potrebbero combattere da soli contro un Jinchuriki o un Kage. Il dolore guidava il gruppo ed era fondamentalmente un Dio a causa del Rinnegan. Hidan e Kakuzu erano entrambi immortali e sopraffatti da un futuro Kage come Kakashi. Itachi aveva un Susanoo considerato imbattibile e Kisame poteva fare da solo qualsiasi Jinchuriki. Deidara e Pain potrebbero distruggere da soli un intero villaggio e Sasori uccise personalmente il Kazekage più forte della storia.
Le forze alleate degli Shinobi erano la forza militare più grande e potente riunita

La Quarta Grande Guerra Ninja è considerata una delle migliori saghe di guerra anime grazie ai suoi colpi di scena, momenti dei personaggi e sequenze d'azione. È anche l'unica occasione in cui le forze ninja alleate si riuniscono per affrontare una minaccia globale. Era una coalizione militare tra le Cinque Grandi Nazioni Ninja e i Samurai della Terra del Ferro, rendendola la più grande forza combattente ninja della storia.
Le forze alleate degli Ninja subirono pesanti perdite durante la guerra, ma alla fine sconfissero un esercito di ninja rianimati e 100.000 Zetsu bianchi. Con l'aiuto di Naruto, combatterono contro il Decacoda mentre era controllato da Madara e Obito. Questo gruppo comprendeva Kage passati e futuri e centinaia di altri ninja d'élite. Ciò che rende questo gruppo così impressionante è il fatto che era composto da ex nemici che lavoravano perfettamente insieme.
.