Poszczególni ninja cieszą się największym uznaniem w Naruto ze względu na ich przytłaczające umiejętności i moc. To powiedziawszy, w serialu występuje także kilka grup ninja, które albo szanowano, albo obawiano się ich ze względu na ich siłę. Grupy te składały się z pięciu lub więcej ninja i chociaż wszyscy byli niebezpieczni na polu bitwy, niektóre grupy ninja były znacznie silniejsze od innych.
Wiele najsilniejszych grup ninja Naruto składa się z elitarnych wojowników na poziomie Jonina, ale inne grupy mają członków, którzy mogą walczyć z Jinchuriki lub Kage. Jedna z tych grup miała wielu członków, którzy byli w stanie zniszczyć całe wioski ninja jedną techniką. Większość z tych grup rzadko walczyła razem, ale gdy to robiła, wszystkie były groźne.
Czwórka Dźwięku była wzmocnionymi elitarnymi ochroniarzami
Wioska Ukrytego Dźwięku została założona przez Orochimaru i w pewnym momencie Czwórka Dźwięku była najsilniejszym atutem militarnym wioski. W rzeczywistości służyli jako elitarni ochroniarze Orochimaru. Cała Czwórka Dźwięku posiadała znak klątwy Orochimaru, który zapewniał im zwiększone zdolności fizyczne. Wszyscy mogli skorzystać z Transformacji Poziomu 2, która zamieniła ich w potwory podobne do Oni o nadludzkiej sile.
Jirobu był umięśnionym behemotem żywiącym się czakrą, podczas gdy Tayuya używała dźwięku do przywoływania ogrów, by walczyły w jej imieniu. Kidomaru miał moce oparte na pająkach i mógł wystrzelić śmiercionośne strzały, podczas gdy Sakon i Yakon mogli zniszczyć ciało przeciwnika od wewnątrz, łącząc się z nim. Jako grupa, Czwórka Dźwięku mogłaby stawić czoła najbardziej elitarnym Joninom z Wioski Liścia.
Dwunastu Strażników Ninja było elitarnymi ninja, których zadaniem była ochrona feudalnego władcy
Dwunastu Strażników Ninja było elitarną grupą ninja z Krainy Ognia, wybraną do ochrony Feudalnego Lorda. Każdy członek nosił specjalną przepaskę na talię z kanji oznaczającym „Ogień”. Grupa ostatecznie rozwiązała się przed wydarzeniami z Naruto, ponieważ połowa grupy zdecydowała, że najlepszym sposobem ochrony Krainy Ognia jest zniszczenie Wioski Liścia.
Kiedy walki wewnętrzne dobiegły końca, tylko trzech członków grupy przeżyło. Członkowie Dwunastu Strażników Ninja byli tak silni, że wszyscy, którzy przeżyli, otrzymali na czarnym rynku szczególnie wysokie nagrody. Chiriku i Asuma Sarutobi byli częścią tej grupy i obaj pokonaliby Hidana z Akatsuki, gdyby nie jego nieśmiertelność.
Korpus Wybuchowy to wyspecjalizowana jednostka złożona z użytkowników Kekkei Genkai
Korpus Eksplozji to organizacja służąca Ukrytej Kamiennej Wiosce, specjalizująca się w śmiercionośnej walce na pierwszej linii frontu i taktycznym niszczeniu. Wydaje się, że Korpus Eksplozji składa się wyłącznie z ninja posiadających Kekkei Genkai Uwolnienia Eksplozji, który jest z pewnością jednym z najsilniejszych niewizualnych Kekkei Genkai. Deidara z Akatsuki i Gari są jedynymi znanymi członkami grupy.
Członkowie Korpusu Wybuchowego mogą z daleka zrównać z ziemią budynki i linie zaopatrzenia za pomocą różnego rodzaju eksplozji. Inni członkowie mogą wykonywać wybuchowe taijutsu, przed którym prawie nie da się obronić. W zależności od techniki pojedynczy członek Korpusu Wybuchowego może potencjalnie zniszczyć dużą wioskę jedną bombą.
Brygada Lalek to elitarna grupa Władców Lalek
Brygada Marionetek Wioski Ukrytego Piasku istnieje od Drugiej Wielkiej Wojny Ninja i składa się z najbardziej utalentowanych użytkowników marionetek w wiosce. Marionetki posiadają ukrytą broń wypełnioną trucizną i można ich używać do ataków z zaskoczenia lub ataków frontalnych. Większość marionetek można rozbić na kawałki, ale we właściwych rękach grupa marionetek może zniszczyć fortecę lub mały kraj.
Brygada Lalek była kiedyś dowodzona przez Chiyo, a Sasori z Akatsuki był niegdyś jej wysokim rangą członkiem. Obaj byli ninja na poziomie Kage, a Kankuro, obecny przywódca, nie pozostaje daleko w tyle. Najsilniejsi członkowie Brygady Lalek mogą kontrolować wiele marionetek na raz, a w pewnych okolicznościach mogą także kontrolować żywych ludzi jak marionetki.
Siedmiu szermierzy ninja z mgły uważanych jest za najniebezpieczniejszych szermierzy na świecie ninja
Poprzednich siedmiu szermierzy ninja z mgły ożywionych za pomocą Edo Tensei w Naruto: ShippudenImage za pośrednictwem Studio Pierrot
Siedmiu Szermierzy Ninja Mgły istnieje od czasu powstania Wioski Ukrytej Mgły i tych siedmiu osób jest uważanych za najsilniejszych ninja władających ostrzami swojego pokolenia. Każdy z nich dzierży jedno z siedmiu mistycznych ostrzy wioski, a kiedy grupa się zbierze, będą w stanie wyciąć dziesiątki wrogów. Jeden członek mógł samodzielnie pokonać Jinchuriki, podczas gdy inny został Mizukage wioski.
Wszyscy Siedmiu Szermierzy Ninja Mgły są bardzo wykwalifikowani, ale ostrza znacznie zwiększają ich siłę. Kabutowari może przełamać praktycznie każdą obronę, podczas gdy Samehada może wyssać wrogów z ich czakry. Kiba jest najostrzejszym ostrzem w serii i potrafi kontrolować błyskawice, podczas gdy Kubikiribocho może regenerować się dzięki krwi ofiary. Shibuki jest wyłożony niekończącymi się wybuchowymi znacznikami, Nuibari może złączyć wiele celów w całość, a Hiramekarei emituje czakrę w różnych formach.
Siły Kinkaku były elitarną siłą dowodzoną przez parę Pseudo-Jinchuriki
Siły Kinkaku były elitarną grupą ninja z Ukrytej Chmury, która stała się aktywna podczas Pierwszej Wielkiej Wojny Ninja. Przewodzili im Kinkaku i Gingaku, para braci, którzy byli daleko spokrewnieni z Mędrcem Sześciu Ścieżek. Pochłonęli część ciała Dziewięcioogoniastego i na stałe uzyskali dostęp do części jego czakry do tego stopnia, że mogli użyć transformacji Ogoniastej Bestii.
Podczas pierwszej wojny Siły Kinkaku wytropiły Tobiramę Senju, Drugiego Hokage, a także jego jednostkę eskortową, w skład której wchodzili Danzo, Hiruzen Sarutobi i czterech innych elitarnych ninja Liścia. Grupa ostatecznie zabiła Tobiramę. Obaj bracia zostali wskrzeszeni podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, gdzie sam Kinkaku zmiażdżył dziesiątki przeciwników, co pokazuje, jak skuteczna była grupa w szczytowym okresie.
Pięciu Kage uważanych jest za najsilniejszych Ninja z Pięciu Wielkich Narodów
Pięciu Kage to przywódcy Pięciu Wielkich Narodów Shinobi, co oznacza, że są uważani za najsilniejszych ninja w swojej wiosce. Czwarta Wielka Wojna Ninja była pierwszym momentem, w którym Pięciu Kage walczyło razem jako grupa, w skład której wchodzili A, Onoki, Mei Terumi, Tsunade i Gaara, jedni z najbardziej legendarnych Kage wszechczasów. Razem mogliby pokonać Madarę Uchihę, gdyby nie był reanimacją.
A był najszybszym ninja na świecie, podczas gdy Gaara kontrolował duże ilości piasku. Mei była mistrzynią Uwolnienia Wody z dwoma Kekkei Genkai, podczas gdy Onoki potrafił dezintegrować przeciwników. Tsunade była najsilniejszym medycznym ninja na świecie. W Nowej Erze Pięciu Kage składa się z Naruto, Gaary, Kurotsuchi, Darui i Chojiro, a większość z nich może przez jakiś czas walczyć z Kinshikim i Momoshiki Otsutsuki.
Akatsuki byli zbuntowanymi ninja na poziomie Kage, którzy mieli moc, by ostatecznie zawładnąć światem
Akatsuki Paina przed dodaniem Deidary, Hidana i Kisame, w retrospekcji Naruto. Zdjęcie za pośrednictwem Studio Pierrot
Akatsuki byli głównymi złoczyńcami przez większą część drugiej połowy Naruto, a kiedy osiągnęli pełną moc, grupa składała się z dziesięciu członków. Organizacja składała się głównie ze zbuntowanych ninja rangi S i poza Zetsu, każdy członek był wysoko wykwalifikowanym wojownikiem o unikalnych zdolnościach. Ich celem było zebranie wszystkich Ogoniastych Bestii i użycie ich jako broni do osłabienia wiosek ninja, dopóki nie będą w stanie podbić wszystkiego.
Większość członków Akatsuki potrafiła samodzielnie walczyć z Jinchuriki lub Kage. Pain przewodził grupie i był w zasadzie Bogiem ze względu na Rinnegana. Hidan i Kakuzu byli nieśmiertelni i przytłoczyli przyszłego Kage, takiego jak Kakashi. Itachi miał Susanoo, które było uważane za nie do pobicia, a Kisame mógł solować każdego Jinchuriki. Deidara i Pain sami mogliby zniszczyć całą wioskę, a Sasori osobiście zabił najsilniejszego Kazekage w historii.
Zjednoczone Siły Shinobi były największą i najpotężniejszą zgromadzoną siłą wojskową
Czwarta Wielka Wojna Ninja jest uważana za jedną z najlepszych sag wojennych anime ze względu na zwroty akcji, momenty postaci i sekwencje akcji. Jest to także jedyny raz, kiedy Zjednoczone Siły Shinobi zebrały się, aby stawić czoła globalnemu zagrożeniu. Była to koalicja wojskowa pomiędzy Pięciu Wielkimi Narodami Shinobi i Samurajami z Krainy Żelaza, co czyni ją największą siłą bojową ninja w historii.
Zjednoczone Siły Shinobi poniosły ciężkie straty podczas wojny, ale ostatecznie pokonały armię ożywionych ninja i 100 000 Białych Zetsu. Z pomocą Naruto, walczyli z Dziesięcioogoniastym, gdy był on kontrolowany przez Madarę i Obito. W tej grupie byli przeszli i przyszli Kage oraz setki dodatkowych elitarnych ninja. To, co czyni tę grupę tak imponującą, to fakt, że składała się z byłych wrogów, którzy doskonale ze sobą współpracowali.
.
