在《火影忍者》中，个人忍者因其压倒性的技能和力量而获得了大部分认可。也就是说，该系列还包含几个因其力量而受到尊重或恐惧的忍者团体。这些忍者团体由五名或更多忍者组成，虽然在战场上都很危险，但某些忍者团体比其他忍者团体要强大得多。
许多火影忍者最强大的忍者团体都由精锐的上忍级战士组成，但其他团体也有可以对抗人柱力或影的成员。其中一个团体拥有多名成员，可以用一种技术消灭整个忍者村庄。这些群体中的大多数很少一起战斗，但当他们在一起战斗时，他们都非常强大。
声音四人是授权的精英保镖
音隐村是由大蛇丸创建的，音音四人一度是村里最强大的军事资产。事实上，他们是大蛇丸的精锐保镖。音四人都拥有大蛇丸的诅咒印记，这使他们的身体能力得到了增强。他们都可以使用二级变身，变成鬼一样的怪物，拥有超人的力量。
次郎是一个肌肉发达的庞然大物，以查克拉为食，而多由也则用声音召唤食人魔怪物为她战斗。鬼童丸拥有基于蜘蛛的力量，可以发射致命的箭，而左近和夜空可以通过与敌人融合从内部摧毁对手的身体。作为一个团队，声音四人可以对抗木叶村最精英的上忍。
十二守护忍者是肩负保护领主职责的精英忍者
十二守护忍者是火之国为了保护领主而选出的精英忍者团体。每个成员都穿着带有“火”汉字的特殊腰布。该团体最终在火影忍者事件之前解散，因为一半的人认为保护火之国的最佳方法是摧毁木叶村。
当内讧结束时，该组织中只有三名成员幸存。十二守护忍者的实力太强了，幸存者在黑市上都得到了特别高的赏金。千陆和猿飞阿斯玛就是这群人中的一员，如果不是晓的飞段不朽的话，他们两人都会击败他。
爆破军团是由Kekkei Genkai用户组成的专业单位
爆破军团是服务于石隐村的组织，专门从事致命的前线战斗和战术破坏。爆炸军团似乎完全由拥有爆炸释放Kekkei Genkai的忍者组成，这很容易成为最强的非视觉Kekkei Genkai之一。晓组织的迪达拉和加里是该组织唯一已知的成员。
爆炸军团的成员可以用不同类型的爆炸从远处夷平建筑物和补给线。其他成员可以施展几乎无法防御的爆发性体术。根据技术的不同，爆炸军团的一名成员就有可能用一颗炸弹摧毁一个主要村庄。
傀儡大队是傀儡师的精英团体
沙隐村的傀儡大队自第二次忍界大战以来就已存在，由村里最熟练的傀儡师组成。傀儡拥有涂有毒药的隐藏武器，可用于突然袭击或正面攻击。大多数傀儡都可以被打碎，但在正确的人手中，一群傀儡可以摧毁一座堡垒或一个小国家。
傀儡大队曾经由千代领导，晓组织的佐佐里曾经是高级成员。两人都是影级忍者，现任领袖勘九郎也不甘落后。傀儡大队最强的成员可以同时控制多个傀儡，在某些情况下，还可以像控制傀儡一样控制活生生的人类。
忍者雾剑七人被认为是忍界最危险的剑客
之前的雾中七忍剑士在《火影忍者：疾风传》中通过江户转生复活图片来自 Studio Pierrot
雾隐剑忍七人自雾隐村成立以来就已存在，这七人被认为是这一代最强的剑忍者。他们每个人都挥舞着村里七把神秘利刃中的一把，当队伍完全集结时，他们可以砍倒数十名敌人。一名成员可以独自消灭人柱力，而另一名成员则成为村里的水影。
雾忍剑七人虽然身手高强，但刀刃却让他们的实力大幅提升。 Kabutowari 几乎可以突破任何防御，而 Samehada 可以耗尽敌人的查克拉。木场是该系列中最锋利的刀片，可以控制闪电，而 Kubikiribocho 可以用受害者的血液再生。 Shibuki 排列着无尽的爆炸标签，Nuibari 可以将多个目标缝合在一起，Hiramekarei 会以各种形式发射查克拉。
金阁部队是一对伪人柱力率领的精锐部队
金阁部队是在第一次忍界大战期间活跃的云隐忍者精英团体。他们的首领是金阁和银阁，他们是六道圣人的远亲兄弟。他们吞噬了九尾的部分肉身，永久获得了九尾的部分查克拉，以至于可以使用尾兽变身。
第一次战争期间，金阁部队追捕了第二代火影千住鸟间，以及他的护送部队，其中包括团藏、猿飞日禅和其他四名精英木叶忍者。该组织最终杀死了飞间。兄弟二人在第四次忍界大战中复活，金角一人就碾压了数十名对手，足见忍界巅峰时期的威力。
五影被认为是五国最强的忍者
五影是五大忍国的领袖，这意味着他们被认为是各自村庄最强的忍者。第四次忍界大战是五影第一次集体作战，其中包括 A、大野木、明美、纲手和我爱罗，他们都是有史以来最具传奇色彩的影。如果宇智波斑不是复活的话，他们联手就能击败他。
A是世界上速度最快的忍者，而我爱罗则控制着大量的沙子。梅是水释放大师，拥有两个血气玄界，而大野木则可以瓦解对手。纲手是世界上最强的医疗忍者。新时代的五影由鸣人、我爱罗、黑土、达鲁伊、长次郎组成，其中大部分人都能与金色和大筒木百色对抗一段时间。
晓是影级流氓忍者，拥有最终统治世界的力量
在《火影忍者》闪回中，Pain 的晓在添加迪达拉、飞段和鬼鲛之前。图片来自 Studio Pierrot
晓组织在《火影忍者》后半段的大部分时间里都是主要反派，当他们全力以赴时，该组织由十名成员组成。该组织主要由S级流氓忍者组成，除了绝之外，每个成员都是身怀绝技的高手战士。他们的目标是聚集所有尾兽，并用它们作为武器削弱忍者村落，直到征服一切。
大多数晓组织的成员都可以独自对抗人柱力或影。佩恩带领着这群人，并且因为林内根而基本上成为了神。飞段和角都都是不朽的，并且压倒了卡卡西这样的未来影。鼬拥有被认为是无敌的须佐之男，而鬼鲛可以独奏任何人柱力。迪达拉和佩因一人就能毁灭整个村庄，而佐佐里亲手杀死了史上最强的风影。
忍者联盟是当时规模最大、实力最强的军事力量
第四次忍者大战因其曲折、人物时刻和动作序列而被认为是最好的动漫战争传奇之一。这也是联合忍者部队唯一一次集结起来应对全球威胁。这是五忍国与铁之国武士的军事联合，是历史上规模最大的忍者战斗力量。
联忍军在战争中损失惨重，但最终还是击败了复活的忍者大军和十万白绝。在鸣人的帮助下，他们与斑和带土控制的十尾作战。这个团体的成员包括过去和未来的影，以及数百名额外的精英忍者。这个团体之所以如此令人印象深刻，是因为它由以前的敌人组成，他们完美地合作。
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