Individuelle ninjaer får mesteparten av anerkjennelsen i Naruto på grunn av deres overveldende dyktighet og kraft. Når det er sagt, inneholder serien også flere ninjagrupper som enten ble respektert eller fryktet på grunn av sin styrke. Disse gruppene bestod av fem eller flere ninjaer, og selv om alle var farlige på slagmarken, var visse ninjagrupper langt sterkere enn andre.
Mange av Narutos sterkeste ninjagrupper består av elitekjempere på Jonin-nivå, men andre grupper har medlemmer som kan kjempe mot en Jinchuriki eller Kage. En av disse gruppene hadde flere medlemmer som kunne utslette hele ninjalandsbyer med en enkelt teknikk. De fleste av disse gruppene kjempet sjelden sammen, men de var alle formidable når de gjorde det.
Sound Four var bemyndigede elitelivvakter
The Hidden Sound Village ble grunnlagt av Orochimaru, og på et tidspunkt var Sound Four landsbyens sterkeste militære eiendeler. Faktisk tjente de som Orochimarus elitelivvakter. Sound Four hadde alle Orochimarus forbannelsesmerke, som ga dem forbedrede fysiske evner. De kunne alle bruke nivå 2-transformasjonen, som gjorde dem til Oni-lignende monstre med overmenneskelig styrke.
Jirobu var en muskuløs behemoth som matet på chakra, mens Tayuya brukte lyd for å tilkalle monstrositeter for å kjempe på hennes vegne. Kidomaru hadde edderkoppbaserte krefter og kunne skyte dødelige piler, mens Sakon og Yakon kunne ødelegge en motstanders kropp innenfra ved å smelte sammen med dem. Som en gruppe kan Sound Four ta på seg noen av Leaf Villages mest elite Jonin.
The Twelve Guardian Ninja Were Elite Ninja som fikk i oppgave å beskytte den føydale Herren
The Twelve Guardian Ninja var en elitegruppe av ninjaer fra Ildlandet valgt ut for å beskytte føydalherren. Hvert medlem hadde på seg en spesiell midjeklut med kanjien for "Fire". Gruppen ble til slutt oppløst før hendelsene i Naruto, fordi halve gruppen bestemte at den beste måten å beskytte Ildlandet på var å ødelegge Leaf Village.
Da striden var ferdig, overlevde bare tre medlemmer av gruppen. Medlemmene av Twelve Guardian Ninja var så sterke at de overlevende alle ble gitt spesielt høye dusører på det svarte markedet. Chiriku og Asuma Sarutobi var en del av denne gruppen, og de ville begge ha beseiret Hidan fra Akatsuki hvis ikke for hans udødelighet.
Explosion Corps er en spesialisert enhet som består av Kekkei Genkai-brukere
The Explosion Corps er en organisasjon som betjener Hidden Stone Village, og den spesialiserer seg på dødelig frontlinjekamp og taktisk ødeleggelse. Explosion Corps ser ut til å bestå utelukkende av ninjaer som har Explosion Release Kekkei Genkai, som lett er en av de sterkeste ikke-visuelle Kekkei Genkai. Deidara fra Akatsuki og Gari er gruppens eneste kjente medlemmer.
Medlemmer av Explosion Corps kan planere bygninger og forsyningslinjer langveisfra med forskjellige typer eksplosjoner. Andre medlemmer kan utføre eksplosiv taijutsu som er nesten umulig å forsvare seg mot. Avhengig av teknikken kan et enkelt medlem av Explosion Corps potensielt ødelegge en større landsby med en enkelt bombe.
Puppet Brigade er en elitegruppe av dukkemestere
The Hidden Sand Village's Puppet Brigade har eksistert siden den andre store ninjakrigen, og den er sammensatt av landsbyens dyktigste dukkebrukere. Dukker har skjulte våpen med gift, og de kan brukes til overraskelsesangrep eller full-frontale angrep. De fleste dukker kan slås i stykker, men i de rette hendene kan en gruppe dukker ta ned en festning eller et lite land.
Puppet Brigade ble en gang ledet av Chiyo, og Sasori fra Akatsuki var en gang et høytstående medlem. Begge var ninjaer på Kage-nivå, og Kankuro, den nåværende lederen, er ikke langt bak. De sterkeste medlemmene av Puppet Brigade kan kontrollere flere dukker samtidig, og under visse omstendigheter kan de også kontrollere levende mennesker som dukker.
The Seven Ninja Swordsmen of the Mist regnes som Ninja-verdens farligste sverdmenn
Sound Four og medlemmer av Akatsuki samlet seg i Naruto
The Seven Ninja Swordsmen of the Mist har eksistert siden dannelsen av Hidden Mist Village, og disse syv individene regnes som de sterkeste bladsvingende ninjaene i sin generasjon. De bruker hver et av landsbyens syv mystiske kniver, og når gruppen er ferdig samlet, kan de kutte ned dusinvis av fiender. Ett medlem kunne ta ut Jinchuriki på egen hånd, mens et annet ble landsbyens Mizukage.
The Seven Ninja Swordsmen of the Mist er alle svært dyktige, men bladene forbedrer styrken betydelig. Kabutowari kan bryte gjennom praktisk talt ethvert forsvar, mens Samehada kan tappe fiender for chakraet deres. Kiba er det skarpeste bladet i serien og kan kontrollere lyn, mens Kubikiribocho kan regenerere med offerets blod. Shibuki er foret med endeløse eksplosive tagger, Nuibari kan sy sammen flere mål, og Hiramekarei sender ut chakra i forskjellige former.
Kinkaku-styrken var en elitestyrke ledet av et par Pseudo-Jinchuriki
Kinkaku Force var en elitegruppe av Hidden Cloud-ninjaer som ble aktive under den første store ninjakrigen. De ble ledet av Kinkaku og Gingaku, et brødrepar som var fjernt beslektet med Sage of Six Paths. De konsumerte deler av kjøttet til Nine-Tails og fikk permanent tilgang til noen av chakraene hans, til det punktet at de kunne bruke Tailed Beast-transformasjonen.
Under den første krigen sporet Kinkaku-styrken opp Tobirama Senju, den andre Hokage, så vel som eskorteenheten hans, som besto av Danzo, Hiruzen Sarutobi og fire andre elite Leaf-ninjaer. Gruppen drepte til slutt Tobirama. De to brødrene ble gjenoppstått under den fjerde store ninjakrigen, der Kinkaku alene knuste dusinvis av motstandere, noe som viser hvor effektiv gruppen var i sin beste alder.
The Five Kage regnes som den sterkeste ninjaen fra de fem store nasjonene
The Five Kage er lederne for de fem store Shinobi-nasjonene, noe som betyr at de blir sett på som deres respektive landsbys sterkeste ninja. Den fjerde store ninjakrigen var første gang Five Kage kjempet sammen som en gruppe, og den inkluderte A, Onoki, Mei Terumi, Tsunade og Gaara, noen av tidenes mest legendariske Kage. Sammen kunne de ha beseiret Madara Uchiha hvis han ikke var en reanimasjon.
A var den raskeste ninjaen i verden, mens Gaara kontrollerte store mengder sand. Mei var en Water Release-mester med to Kekkei Genkai, mens Onoki kunne oppløse motstandere. Tsunade var den sterkeste medisinske ninjaen i verden. I den nye æraen består Five Kage av Naruto, Gaara, Kurotsuchi, Darui og Chojiro, og de fleste av dem kunne ta på seg Kinshiki og Momoshiki Otsutsuki for en tid.
Akatsukiene var rogue ninjaer på kage-nivå som hadde makten til å styre verden til slutt
Pain's Akatsuki før tillegg av Deidara, Hidan og Kisame, i et Naruto-flashback. Bilde via Studio Pierrot
Akatsukiene fungerte som de viktigste skurkene i store deler av andre halvdel av Naruto, og da de hadde full makt, besto gruppen av ti medlemmer. Organisasjonen var hovedsakelig sammensatt av S-range useriøse ninjaer, og bortsett fra Zetsu var hvert medlem en svært dyktig fighter med unike evner. Målet deres var å samle alle Tailed Beasts og bruke dem som våpen for å svekke ninjalandsbyene til de kunne erobre alt.
De fleste av Akatsukis medlemmer kunne kjempe mot en Jinchuriki eller Kage på egenhånd. Smerte ledet gruppen og var i bunn og grunn en Gud på grunn av Rinnegan. Hidan og Kakuzu var begge udødelige og overveldet en fremtidig Kage som Kakashi. Itachi hadde en Susanoo som ble ansett som uslåelig, og Kisame kunne solo hvilken som helst Jinchuriki. Deidara og Pain kunne ødelegge en hel landsby selv, og Sasori drepte personlig den sterkeste Kazekagen i historien.
De allierte Shinobi-styrkene var den største og mektigste militærstyrken som ble samlet
Den fjerde store ninjakrigen regnes som en av de beste anime-krigssagaene på grunn av sine vendinger, karakterøyeblikk og actionsekvenser. Det er også den eneste gangen de allierte Shinobi-styrkene samlet seg for å ta på seg en global trussel. Det var en militær koalisjon mellom de fem store Shinobi-nasjonene og samuraiene fra jernlandet, noe som gjorde den til den største ninja-kampstyrken i historien.
De allierte Shinobi-styrkene led store tap under krigen, men de beseiret til slutt en hær av reanimerte ninjaer og 100 000 hvite zetsuer. Med Narutos hjelp kjempet de mot Ten-Tails mens den ble kontrollert av Madara og Obito. Denne gruppen inneholdt tidligere og fremtidige Kage, og hundrevis av ekstra eliteninjaer. Det som gjør denne gruppen så imponerende er det faktum at den bestod av tidligere fiender som jobbet perfekt sammen.
.
